Samostatne stojacou kaplnkou Dómu sv. Martina je kaplnka svätej Anny pri severnom múre chrámu. Vznikla v roku 1514, kedy ju pristavali medzi druhý a štvrtý oporný pilier severnej lode. Zvonku prekryla severný portál spred polovice 14. storočia so vzácnou kamenárskou výzdobou, ktorý sa aj napriek viacerým prestavbám zachoval dodnes.

Interiérové vybavenie kaplnky je pomerne skromné. V jej závere je na podstavci umiestnené súsošie svätej Anny vyučujúcej Pannu Máriu. Pri pravej stene je pristavaný pieskovcový náhrobok bratislavského prepošta a vicekancelára Academie Istropolitana Juraja Schomberga z roku 1470.

Na oboch bočných stenách sú oproti sebe vo výške očí umiestnené dva epitafy. Na pravej stene je epitaf bratislavského prepošta a správcu kaplnky (v rokoch 1629 - 1632) Juraja Nagya. Pri ľavej stene stojí mramorový epitaf spisovateľa a kanonika Jozefa Ignáca Bajzu, ktorý je pochovaný v podzemí Dómu.