Duchovným predchodcom dnešnej katedrály bolo prepoštstvo s kapitulou na hradnej akropole. Podľa archeologického výskumu stál tento kostol na mieste veľkomoravskej baziliky, na východnej terase hradu. Dôležitým rokom z hľadiska staveb-​nej histórie dnešnej katedrály bol rok 1221, kedy sa po predchádzajúcom presťahovaní prepoštstva z hradu, presťahoval do podhradia i kostol.

Vzhľadom na postupné narastanie počtu obyva-​teľov mesta však už kaplnka sv. Martina nestačila, a tak čoskoro po presťahovaní (na prelome 12. a 13. storočia) vyrástla na jej mieste stavba kostola v románskom slohu. Vzrastajúca prosperita mesta, ktoré sa stalo jedným z najvýznamnejších centier Horného Uhorska, našla odraz aj vo vý-​stavbe objektov reprezentujúcich mesto navonok. Kapitula i mestská rada sa rozhodli postaviť nový prepoštský chrám v novom gotickom slohu.

Epitafy sa až do 70-tych rokov 19. storočia nachádzali v interiéri Dómu. Dnes sú však, vzhľadom na ich umiestnenie, prehliadané bežnými návštevníkmi. Jeden z najobdivovanejších epitafov je umiestnený nad kryptou Pálffyovcov pri sever-​nom múre katedrály. Nástenný epitaf z roku 1613 patrí chorvátskemu bánovi a bojovníkovi proti Turkom Jánovi Draškovičovi.