Duchovným predchodcom dnešnej katedrály bolo prepoštstvo s kapitulou na hradnej akropole. Podľa archeologického výskumu stál tento kostol na mieste veľkomoravskej baziliky, na východnej terase hradu. Dôležitým rokom z hľadiska staveb-​nej histórie dnešnej katedrály bol rok 1221, kedy sa po predchádzajúcom presťahovaní prepoštstva z hradu, presťahoval do podhradia i kostol.

Vzhľadom na postupné narastanie počtu obyva-​teľov mesta však už kaplnka sv. Martina nestačila, a tak čoskoro po presťahovaní (na prelome 12. a 13. storočia) vyrástla na jej mieste stavba kostola v románskom slohu. Vzrastajúca prosperita mesta, ktoré sa stalo jedným z najvýznamnejších centier Horného Uhorska, našla odraz aj vo vý-​stavbe objektov reprezentujúcich mesto navonok. Kapitula i mestská rada sa rozhodli postaviť nový prepoštský chrám v novom gotickom slohu.

Definitívnym zavŕšením stredovekého vývinu bratislavského Dómu bola ďalšia prístavba, ne-​veľká neskorogotická predsieň pristavaná k južné-​mu portálu okolo roku 1510. Hoci prístavba k južnej stene chrámovej lode svojimi architektonickými prvkami nesie stopy zanikajúcej gotiky, portál na východnej strane predsiene patrí už do nového stavebného slohu, renesancie. Portál južnej predsiene ostal na dlhší čas jedinou cudzorodou architektonickou súčasťou gotického chrámu.